Hlavním problémem většiny softwarových programů pro CRM je v tom, že se nedokáží přizpůsobit konkrétním požadavkům jednotlivých firem. Nejhorší věc je však někdy odmítnutí starého a přijmutí nového systému.
Při implementaci nového softwaru je pravděpodobně nejdůležitější, jak jej přijmou zaměstnanci. Represivní metody nemají smysl. Uvidí-li však personál výhody nového systému, do kterých by mělo spadat ulehčování jejich práce pomocí nového programu, jeho prokazatelná efektivita nebo zvláštní odměny, rád jej přijme za svůj. Zaměstnanci však potřebují znát konkrétní věci, které se po implementaci zlepší.